En 1853, les habitants de L’Ile-Rousse manifestèrent le désir de posséder une communauté d’enfants de Saint François. Dans la même année, le pape Pie IX autorise la fondation du Couvent des Frères Mineurs de L’Ile-Rousse. En 1855, ces religieux vinrent occuper une maison mitoyenne à l’église Notre Dame de la Miséricorde. Les fondations de cette église sur une petite colline au nord de la ville, au lieu-dit Fornole avaient été posées en 1848. Le bâtiment fut achevé en 1854 et livré au culte en 1855. Ainsi fut fondé le Couvent des Franciscains. Il demeura un temps le seul lieu de culte de la cité paoline.
Il possède un dégagement extérieur exceptionnel.